La AFA haría regreso de la histórica Copa Argentina 2011-12, www.micamiseta.fútbol donde Riquelme sería esencial para llegar al final. Luego de la salida del enganche, Boca le ganó 2 a 1 en la final a Racing y conquistó por segunda vez la Copa Argentina. Por el Torneo Apertura 2011, con las incorporaciones de Agustín Orión, Rolando Schiavi y Darío Cvitanich, el retorno de Facundo Roncaglia, la titularidad de Lucas Viatri y con un Riquelme recuperado, Boca se consagró campeón invicto en la fecha 17, frente a Banfield con un contundente 3 a 0. Román marcó su único gol en el torneo frente a Unión de Santa Fe en la goleada por 4 a 0. Fue titular en todos los partidos (excepto contra Independiente), hasta que una lesión contra Belgrano en la fecha 11 le impidió seguir jugando hasta volver como suplente en el partido ante Banfield.
