A final de temporada, Riquelme obtendría su primer y único título en su etapa en Europa al ganar la Copa Intertoto al Atlético de Madrid. Conducidos tácticamente por el chileno Manuel Pellegrini, el Villarreal logró una histórica tercera posición en la liga, solo por detrás del Barcelona y el Real Madrid. En la temporada 2004-05 Riquelme formó una recordada dupla de ataque junto con el uruguayo Diego Forlán, camisetas futbol baratas proveniente del Manchester United.